Kementerian Agama mengembangkan pembelajaran dalam bentuk E-Learning Madrasah, yakni paltform belajar daring untuk madrasah. Metode ini tak sekadar berisi materi ataupun tugas, tapi terdapat beragam fitur yang membantu siswa dan guru dalam kegiatan belajar mengajar.
Fitur tersebut antara lain Kelas Online. Fitur Kelas Online ini berisi berbagai konten. Mulai dari awal proses pembelajaran, pembuatan standar kompetensi, rencana pelaksanaan pembelajaran (RPP), materi pembelajaran, jurnal guru, pengolahan penilaian harian, ujian berbasis komputer (CBT) hingga pengolahan nilai rapor.
MTsN 6 Cirebon menerapkan E-Learning yang diterbitkan oleh Kementrian Agama sebagai menjawab tantangan dalam pandemi COVID-19 selama ini. Tentunya dewan guru dan siswa selalu mengakses E-Learning untuk kegiatan belajar mengajar melalui DARING/Online.